说明：一共30集动画，日本版本计算不包括总结篇剧情集数，美国版本将其称为第三季（SEASON 3）。国内引进了该系列的美版动画，与之前的65集一起推出，就是我们最熟悉的95集变形金刚动画。变形金刚的制造者五面怪出现，阴谋重新夺回塞伯坦。惊破天复活，率领霸天虎继续在宇宙中横行，汽车人在补天士的带领下英勇抵抗，并粉碎了五面怪的阴谋，通过对能源宝的探索，补天士查明了变形金刚的来历——最早是由五面怪创造出来的奴隶机械人，后推翻五面怪，并将其赶出塞伯坦。宇宙中出现致命病毒，几乎感染了所有的生物。补天士下令全力复活擎天柱，五面怪与汽车人联手修复了擎天柱，擎天柱复活并联合惊破天，在最后的时刻用能源宝的力量消灭了病毒。惊破天向汽车人提出休战。
